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今天,中国疾病预防控制中心正式发布《2020 年 6 月北京新发地新冠疫情及病毒基因组序列数据》。

斗斗等这一刻可是盼了好几天。

不光斗斗,国际社会都是翘首以盼北京的基因测序。你要问这个基因序列有啥用呢?且听斗斗慢慢道来~


北京公布病毒基因序列

Nextstrain的twitter公布了新的3条新冠病毒基因序列,均来自最近北京暴发的病毒样本。这3个样本采集于2020年6月11日,两个来自于感染者,一个是环境采样

样本由中国疾控中心病毒病预防控制所(NIVDC)快速测序,并向世界卫生组织及全球共享流感数据倡议组织(GISAID)提交了新冠疫情及病毒基因组序列数据,和国际社会共享。
 
最新数据显示,北京目前流行的新冠病毒序列与流行于欧洲的新冠病毒更加接近,但比欧洲现在流行的新冠病毒要古老

 “这表明此次在北京流行的病毒是现有病毒分支,且与欧洲流行的病毒相似,而非由动物传染到人的新发疫情。因该病毒与多个国家流行的病毒相似,所以无法判定病毒的来源。” Nextstrain 发布新冠病毒序列的信息,并作出上述判断。

Nextstrain平台在本次新冠大流行中负责聚合来自于世界各地的新冠病毒序列以构建病毒进化树。

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这一判断与中国疾控专家此前披露的信息大体一致。6月15日,中国疾病预防控制中心流行病学首席专家吴尊友表示,此次疫情肯定不是在北京的原发地发生的,是从外部输入的

他同时指出,此次病毒与在欧洲广泛传播的毒株序列更加相近,但这不代表病毒一定来自欧洲国家,有待进一步收集信息来帮助判断。 

根据中央纪委国家监委网站6月19日报道,“从基因组流行病学的初步研究结果看,这个病毒是从欧洲来的,但是它跟欧洲当下流行的病毒又有一定差别,它比现在欧洲流行的病毒要老。” 中国疾控中心病毒病所所长助理张勇表示。

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在全球架构中,和这3个北京的序列最接近的序列来自捷克、中国台湾、希腊和葡萄牙。因为Nextstrain最近精简了数据库里的很多重复的序列,还不能确认北京的病毒到底来自什么地方。

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如果按地区分布看,在亚洲架构中北京的序列和来自捷克、中国台湾、丹麦、哥伦比亚、以色列和奥地利的序列很接近

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在欧洲架构中,北京的序列和来自捷克、丹麦等许多欧洲国家的序列很接近,其中和来自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1个突变

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因此从基因序列分析来看,北京最近传播的新冠病毒与欧洲流行的病毒有关。但是因为与许多国家/地区的序列类似,还无法定论它可能起源于何处,何时传入北京的。

最后,最重要的一点,北京的3个病毒基因序列虽然接近,但都不相同。

样品(1) 和样品(2、3)之间已经有两个突变 (图5)。其中第一步突变(A29694C)样品(2、3)都有,但是第二步突变是不一样的 (C12085T和A11910G)。

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这暗示了在暴发之前,新冠病毒可能已经在北京社区里默默传播了一段时间

因为新冠病毒的变异速度不算快,平均每月突变两次。如果是一个点 (新发地市场) 短时间内的暴发,病毒的基因序列很大可能是一样的。

不管具体是哪个国家来的,反正输入是实锤了。

那在原发地欧洲的橙子们🍊,一定要注意防护。
 

来源三文鱼?


自从北京确诊了阳性患者,三文鱼就站在了风口浪尖。
三文鱼到底无不无辜?
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据中国官方疫情通报,有2名确诊患者是中国肉类食品综合研究中心的员工,他们曾经到分布全北京市的6大农副产品批发市场执行食品抽检任务。
另1名确诊患者则曾在几天前到新发地农产品批发市场采购海鲜和肉。
疾控部门更是从该市场切割三文鱼的案板上检测到新冠病毒,这导致该市场涉及三文鱼的9名相关人员被隔离,尽管他们的初步新冠病毒检测结果呈阴性。
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尽管感染源头直接指向三文鱼,但实际上,无论专家还是民间, 并不太相信是三文鱼感染了病毒。
毕竟水产感染哺乳动物的新冠肺炎,也太荒谬了。
财新网记者总结多位病毒和水产专家的说法称,没有任何科学证据证明鱼类、甲壳动物、软体动物和两栖动物可以感染并传播新冠病毒;而新冠病毒通过食物污染进行传播的可能性也微乎其微。
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中国水产科学研究院水生动物病毒学专家黄倢表示,三文鱼感染新冠病毒的可能性基本上没有,而三文鱼在加工储运过程中发生沾染的风险是偶发的,具有流行病学意义的病毒携带才值得引起关注,因此没必要对三文鱼等水产品谈虎色变
中国病毒专家张文宏则表示,新冠病毒的中间宿主,必须是可以持续携带病毒,且病毒在其体内可以复制。
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仅仅发现三文鱼案板上有病毒,还远远不够,要发现中间宿主肺脏或者消化道等脏器内的病毒,以及发现病毒复制的证据才可以,污染不等同于携带。”
就在众多科学家发声“力挺”三文鱼,水产即将“萌混过关”的时候,又闹出了新的爆炸性💥新闻。
三文鱼到底能不能吃

6月17日6时至18时,天津新增本地新冠肺炎确诊病例1例。

该患者男,22岁,是康莱德酒店西餐厅帮厨人员。
主要从事洗碗工作,偶尔会负责清洗冷冻海鲜食材。
最关键的是:没有北京人员接触史。
这是一起天津本地感染病例。
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一天以后,三文鱼又出问题了。
 
香港《星岛日报》17日消息称,正在调查两宗怀疑食物中毒个案,涉及其中的人有4个。
 
他们先后在旺角仕德福酒店德福阁厅就餐,食用生蚝及三文鱼刺身后出现身体不适。
 
中毒的4人当中有3人已就医治疗,目前情况稳定无需住院。

随着国内频频传出新闻,国际目光也盯上了三文鱼。

德法公共电视台调查报告称:为弄清楚2018年全世界养殖三文鱼死亡数量达到5000万条之多的原因,该台记者深入三文鱼故乡--挪威进行了实地调查。

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调查记者弗洛丁私带摄像机,潜入了养殖场:
 
“我知道会看到鱼因为拥挤而喘不过气,但,眼前的景象更为恐怖:大量鱼挤在肮脏、充满它们排泄物的海水里,许多得病的三文鱼身上布满了大如手掌的溃疡,有的已经变成了S型畸形鱼。”

这让正准备出门去吃寿司的斗斗不寒而栗。

什么意思,三文鱼真的不能吃啦?

欧盟规定,海产品必须在零下20摄氏度冷冻24小时才能上市。

而美国食品药品管理局则建议冷冻7天(如果是零下35摄氏度可缩短到15小时),这样能大大降低寄生虫对人体的风险。

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其次,进口三文鱼分为冰冻和冰鲜

冰冻三文鱼通常都是零下18度冷冻进来的,运输过程中也采用冷冻的集装箱,鱼冻得像石头一样硬,连斧子都劈不开。

运进某些仓库温度甚至能达到零下30度,因此寄生虫风险极低

而冰鲜三文鱼对时间和温度的要求极为严格,一般从捕捞加工到进入市场的时间要求在15天以内,保存温度控制在0℃左右,超过15天或不能满足保存温度均会严重影响食用品质并可能产生腐败变质。

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这样来看,三文鱼本身还是相对安全的

但是问题出在运输上。

三文鱼在运输过程中并不完全冷冻无法杀死寄生虫,而是放在冰块上保温,随后运到全世界各地的餐馆中。

如果在这个过程中发生感染,那后果无法预料。

斗斗不是传染病学专家,无法判断生鲜三文鱼到底还能不能吃。

但是既然最近“案例频发”,斗斗就给橙子们🍊一个不成熟的小建议:管好自己的馋虫,就暂时,最好,还是避免生食吧。(心在滴血😫)

至少现在风口浪尖时刻,无论什么食物,加热至完全熟透再吃,总是难吃安全的。

 
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(🙈再见了sashimi)

新闻来源:网易新闻,Nextstrain,知识分子


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